Lo scopo de l'Origin
In una introduzione Darwin presenta la struttura e lo scopo principale dell'opera cioè quello di "acquistare una chiara visione dei mezzi della modificazione e del coadattamento".

La questione del concetto di specie.
Il concetto di specie: perché Darwin nell'Origin evita di definire il concetto centrale della sua opera?
Nel II capitolo è lo stesso Darwin a dire di non voler definire cosa intende per specie: nessuna definizione, infatti, accontenterebbe tutti i naturalisti. Non solo: nel parlare di specie rischierebbe di cadere negli errori tipici del pensiero essenzialista, andando alla ricerca di caratteri fissi, immutabili, e ideali che nella realtà non esistono...
Il termine specie è dunque, secondo Darwin, applicato ai gruppi di organismi, sulla base di criteri puramente di comodo; nella realtà si può, infatti, parlare solo di individuo.
Per Darwin il termine specie non poteva essere separato dal termine varietà, portando così ad un'idea di un'evoluzione divergente in cui le varietà altro non sono che specie incipienti.

La "lotta per l'esistenza"
La "lotta per l'esistenza" è un'espressione ambigua perché viene intesa da molti in senso letterale.
Il punto di partenza dello studio di Darwin è la teoria di Malthus, un economista inglese vissuto a cavallo tra il '700 e l'800 che nel suo "SAGGIO SUL PRINCIPIO DI POPOLAZIONE" del 1798 sostiene che mentre la popolazione aumenta con una progressione geometrica, le risorse si sviluppano con una progressione aritmetica. deve necessariamente esistere una lotta per l'esistenza, fra gli individui della stessa specie, fra quelli di specie diverse, e di tutti gli individui contro le condizioni fisiche della vita". Si tratta di una lotta metaforica da intendere come competizione tra gli organismi per accedere alle risorse necessarie alla sopravvivenza.
Nella lotta esce vincitore l'individuo, che possiede alcune caratteristiche, particolari "VARIAZIONI", utili alla vita: sono queste che garantiscono all'individuo di sopravvivere e poter quindi trasmettere ai suoi discendenti "il vantaggio".
Darwin, dunque, estendendo a tutte le popolazioni di essere viventi, animali e vegetali ciò che Malthus diceva riguardo alla popolazione umana, guarda in modo nuovo al problema dell'evoluzione: centrale non è più l'ambiente, ma la variabilità che si presenta in ogni generazione di ogni popolazione; tra i cambiamenti, che sono casuali, ce ne sono, infatti, alcuni che aumentano le probabilità che l'individuo non muoia, sopravviva e tramandi le proprie caratteristiche: sono i cosiddetti cambiamenti adattativi su cui, quindi, agisce la selezione naturale, conservandoli.
Per concludere la molla dell'evoluzione diventa la varietà, e il meccanismo dell'evoluzione, la selezione naturale.

Selezione naturale, la sopravvivenza del più adatto e Spencer.
L'espressione "selezione naturale" fu scelta da Darwin per analogia a quella operata dall'uomo ma l'espressione "sopravvivenza del più adatto" utilizzata da Spencer venne considerata ugualmente valida, anzi a volte più idonea, infatti in conseguenza alle critiche mosse per la scelta di "selezione naturale" Darwin decise di utilizzare, nelle ultime edizioni dell'Origin, proprio la definizione di Spencer.
Ma l'espressione "soppravvivenza del piu' adatto" generò non poche polemiche. Prima di tutto ne venne sottolineata la tautologia insita: sopravvive il più adatto, ma chi è il più adatto se non quello che sopravvive?
Non solo: questa espressione fu all'origine della cosiddetta interpretazione gladiatoria del darwinismo che vedeva gli uomini costretti per sopravvivere a combattere e uccidersi.
Eppure Darwin aveva sottolineato più dì una volta la metaforicità dell'espressione...
D'altra parte è anche però comprensibile la difficoltà di "relegare" l'espressione ad un ambito puramente scientifico: chi la coniò fu infatti il filosofo Spencer, dunque non uno scienziato, per il quale il concetto d'evoluzione non era scindibile dal suo risvolto metafisica.

Per Spencer l'evoluzione era infatti il passaggio da un'omogeneità indefinita a un'eterogeneità definita, durante il quale si può parlare di progresso perché si procede verso organismi sempre migliori e più complessi: un'evoluzione che ha già in sé il fine ultimo, l'uomo.

Il pensiero di Spencer trovò molti punti in comune con quello di Lamarck: l'evoluzione era infatti anche per Lamark all'origine di una crescente perfezione tra gli esseri viventi, tra i quali, quindi si innesca una rigida gerarchia, la cosiddetta scala naturae, dalla quale emerge la concezione di un mondo immobile e preordinato.

Il concetto di natura per Darwin e il suo rapporto con gli aspetti filosofici della teoria evoluzionistica delle specie.
Per Darwin la natura è l'azione combinata e il risultato di leggi (sequenza di fatti accertati) naturali. Il concetto di natura è per Darwin puramente scientifico: nonostante tutto la sua teoria sarà interpretata da alcuni in senso filosofico anche se egli ribadisce più volte che la selezione naturale non ha un fine, uno scopo, non è guidata da nessuna forza misteriosa.

Proprio perché la sua teoria vuole avere validità solo in campo scientifico e non implicazioni metafisiche crolla con Darwin non solo l'idea di un'evoluzione che è progresso ma anche di conseguenza la concezione di una gerarchia tra gli esseri viventi, di cui il più perfetto è l'uomo.

Darwin sostituisce alla scala naturae l'immagine, non nuova, dell'albero: nell'albero ci sono infatti i germogli, le specie incipienti, rami forti che sorpassano rami deboli; ne emerge la visione di un mondo non immobile ma che continuamente si rinnova, nel quale non ha senso parlare di progresso o di specie più perfetta.

Il primo albero filogenetico completo (in alto nella pagina a fronte) fu tracciato da Ernst Haeckel, che sosteneva l'ipotesi dell'origine monofiletica degli organismi, nel 1866.

Evoluzionismo e darwinismo sono sinonimi?
A differenza dell'evoluzione, che divenne ben presto un fatto, la selezione è rimasta per molti e a lungo un'ipotesi per giunta pericolosa laddove parlando di ipotesi si lasciava deliberatamente filtrare l'idea negativa della speculazione non scientifica e non avvalorata dai fatti.
Non era tanto l'evoluzione a suscitare dubbi quanto il concetto di "selezione naturale" perché permetteva la sostituzione di un concetto metafisico della natura, in cui si esprime l'idea di un Progetto, con un processo cieco e meccanicistico.
E' dunque imprudente, dal punto di vista storico, usare i termini "darwinismo" ed "evoluzionismo" come sinonimi, dal momento che molti, anche nella cerchia ristretta degli amici di Darwin, poterono dichiararsi evoluzionisti, pur continuando a respingere alcune di quelle componenti della teoria di Darwin che la caratterizzavano appunto come "darwiniana".
Il concetto di evoluzione era infatti, nell'800, accettato e condiviso da molti tra cui, ad esempio, lo stesso nonno di Darwin e Lamark. Questo non vuol dire che anche il darwinismo fosse accettato, anzi: se l'evoluzione era per certi versi un fatto incontestabile, la teoria di Darwin rimaneva per molti una pura ipotesi non scientifica e non avvalorata da fatti.

Il metodo scientifico adottato da Darwin: ipotetico-deduttivo o induttivo puro?
Stando a quanto sostiene Darwin, il suo metodo è puramente induttivo.
Le prime edizioni della sua opera si aprivano infatti con delle citazioni di Bacone, il "padre" dell'empirismo.
Oggi si pensa che in realtà il suo lavoro abbia fatto uso principalmente di un metodo ipotetico-deduttivo, che gli permise di sviluppare una teoria con ipotesi che sottopose a verifica.
Probabilmente il suo insistere sull'induttivismo del lavoro serviva a legittimare le conclusioni del suo studio, che trovarono non poche resistenze nella scienza ufficiale del tempo.